La actual estructura orgánica del Gobierno Regional Cajamarca, fue aprobada mediante la Ordenanza Regional Nº 020-2005-GR.CAJ-CR de fecha 18 de octubre del año 2005, de acuerdo con las disposiciones legales vigente y en amparo del artículo 9 inciso a) de la Ley Orgánica de Gobiernos Regionales Ley Nº 27867, donde se dispone que los Gobiernos Regionales son competentes para aprobar su organización interna.

Es necesario indicar que la actual estructura orgánica es el resultado de haber modificado la anterior que estuvo vigente el año 2005, dadas las condiciones y para un mejor funcionamiento del Gobierno Regional.